Sannadka 2065, Dhulku wuxuu ku yaal bartamaha dagaalka shisheeyaha cabbirka dheeriga ah ee loo yaqaan Nova. Ciidamada qalabka sida waxay horumariyaan oo ay tababaraan Pandoras, gabdho isticmaali kara unugyo hidde gaar ah oo loo yaqaan Stigmata (Seikon) Si ay u muujiyaan nidaamyada hubka iyo dagaalka. Taageerida Pandoras waa lamaanayaal rag ah oo loo yaqaan Limiters, kuwaas oo adeegsada awoodo gaar ah "qabow" si ay u xakameeyaan xorriyadda tartankooda.
Mid ka mid ah xaddidayaashan waa Kazuya Aoi, oo walaasheed dambe ay ahayd Pandora. Kazuya waxay la kulantay Pandora xoog leh, Satellizer el Bridget, oo lagu naanayso boqoradda lama taabtaanka ah, qaabkeeda qaylo-dhaanta ah iyo diidmada xad dhaafka ah ee ay u hayso iyada oo dhigata Akadamiyadda West Genetics ee Japan. In kasta oo digniinta uga timid asxaabtiisa dugsiga inay ka fogaadaan Satellizer-ka, haddana waxay saaxiib la tahay Kazuya, waxayna ka codsanaysaa inay iyada u ahaato Limiter. Satellizer wuxuu oggol yahay inuu la noolaado, inkasta oo ay si dhakhso leh ugu dhici doonto tartan jacayl oo lagu magacaabo Rana Linchen, oo rumeysan in Kazuya ay tahay nafteeda-saaxiibkeed ka dib markii ay ku taageertay iyada oo loo marayo dhowr dagaal oo ka dhan ah kuwa ka soo horjeeda kuleejka ee beddelaya jagooyinka iyo koorsooyinka. Markii Novas ay weeraraan kuleejadooda iyagoo adeegsanaya Pandoras oo ay gacanta ku hayaan si ay u helaan marinka sheybaarka hay'adda, tartankooda waa la joojiyay.
Satellizer iyo Kazuya waxay ku biiraan dhowr ka mid ah ardayda West Genetics shaybaar ku yaal Alaska, halkaas oo laga yaabo inay ka caawiyaan hawsha Evolution Pandora (E Pandora), taas oo u oggolaaneysa haweenka caadiga ah inay helaan tallaalada Stigmata si ay u noqdaan Pandoras. Marka mid ka mid ah E Pandoras uu tago berserk, kuwa kale waxay soo saaraan in daawooyinka tijaabada aysan khatar aheyn, laakiin waxaa loo sameeyay inay adeecaan rabitaanka ururka ganacsiga iyo sidoo kale maareeyaha. Marka la helo tan iyo inta laga bixin karo kharashka, waa in laga faa'iideysto, E-Pandora Amelia Evans ayaa hagaya kacdoon sii kordhaya oo buuxa ee Nova Clash.
Kazuya wax badan buu ka bartay isku xirnaanta qoyskiisa iyo Nova iyo sidoo kale Pandora. Kazuya ayeeyadeed Gengo Aoi waxay heshay isla shaqo, taas oo dejisa Rana iyo Satellizer koox gaar ah oo dumar ah oo la yiraahdo Valkyries. Si kastaba ha noqotee, inta lagu gudajiray waxqabadka banaanbaxa ee loo qaabeeyey Nova oo ah nacas, dhalanteed waxaa la kulma Pandoras, iyo sidoo kale Novas-ka dumarku wuxuu noqdaa koox 100s ah oo Nova ah oo qaddarisa Genetics. Gengo waxay tan ka dhigeysaa iyada oo sii deynaysa halyeeyada Pandoras ee ah eedooyinka Kazuya. Isku daygii Chevalier ee ahaa in la dilo Gengo oo shaqaalaysiiya dhowr dambilayaal oo la yiraahdo Busters, markii in yar oo ka mid ah Halyeeyadii Pandoras ay isu beddeleen Novas dilaa ah, laakiin howshii ayaa kala tagtay.
